ბირთვული და რადიოლოგიური საგანგებო სიტუაციის შემთხვევაში სააგენტოს ფუნქციებია:
- ბირთვული და რადიაციული ავარიის, ინციდენტის, ბირთვული და რადიოაქტიური ნივთიერებების არალეგალური მიმოქცევის, სასაზღვრო-გამშვებ პუნქტებზე, საბაჟო და სატრანსპორტო ტერმინალებზე რადიაციული განგაშის შემთხვევებზე რეაგირება და პირველად რეაგირებაში მონაწილე უწყებების მოქმედებების კოორდინაცია კომპეტენციის ფარგლებში;
- ბირთვულ და რადიაციულ ავარიებზე საობიექტო, ადგილობრივი და ეროვნული მზადყოფნისა და რეაგირების გეგმებისა და ინსტრუქციების პერიოდულ შემოწმებაზე ზედამხედველობა;
- ნებისმიერი რადიაციული ინციდენტისა და ავარიის კვლევის შედეგების ანალიზი მისი განმეორების თავიდან აცილების მიზნით;
- რადიაციული ავარიის კერის რადიოლოგიური შეფასება, კომპეტენციის ფარგლებში რეაგირებაში მონაწილე უწყებების მოქმედებების კოორდინაცია და შესაბამისი რეკომენდაციების მომზადება;
- დაზარალებულების დეკონტამინაციის და რადიაციული მონიტორინგის ღონისძიებების შესრულებაზე კონტროლი;
- საქართველოს შინაგან საქმეთა სამინისტროსთან ერთად ბირთვული და რადიოაქტიური ნივთიერებების არალეგალური მიმოქცევის ფაქტებზე რეაგირება და კრიმინალური სცენის რადიაციული მონიტორინგი, ნივთმტკიცების პირველადი რადიოლოგიური შემოწმება.